Museet er statsanerkendt kulturhistorisk museum for Faaborg-Midtfyn Kommune, der er Fyns største kommune målt i areal, og en kommune med en meget omfattende og rig kulturarv.

En vigtig opgave for museet er at rådgive myndighederne, institutioner og private om kulturarven i forbindelse med planlægning mv. Museet stiller også sin viden til rådighed for uddannelsesinstitutioner såsom gymnasier, skoler og ungdomsskole. En del af denne viden er eller vil blive tilgængelig via e-tjenester.

Museets ansvarsområde omfatter alene nyere tid i kommunen. Det arkæologiske ansvarsområde varetages af Odense Bys Museer.

Faaborg Kulturhistoriske Museer omfatter udstillinger i fem fredede bygninger i og omkring Faaborg. Alle udstillinger hænger tæt sammen med bygningerne. Lidt uden for byen ligger den næsten 400 år gamle Kaleko Vandmølle fra 1600-tallet, der er en af Danmarks ældste fungerende møller. Der er adgang til mølleri og møllerens bolig. Faaborg by rummer en del gamle byhuse fra 1700-tallet. To af de bedst bevarede købmandsgårde er bymuseum. Borgerskabets sale og stuer, køkken og haveanlæg med lysthus kan beses ligesom en stor glasudstilling. I byens gamle rådhus på torvet er arresten gjort til museum. Her kan man se celler og genstande fra Danmarks fængsler. I kælderen vises straffe fra ældre tider. Endelig er der mulighed for et besøg i kirketårnet fra byens middelalderkirke. Uden for åbningstiden kan der arrangeres omvisninger efter aftale i en eller flere afdelinger for grupper.

Faaborg Byhistoriske Arkiv, der er et af landets ældste lokalarkiver, er en del af museet. Arkivet rummer rige samlinger i form af bl.a. ældre film og fotos fra byen og arkivalier, der belyser den politisk og kulturelt interessante gruppe, der i 1910 samlede værkerne fra kunstnergruppen Fynboerne.  Samlingen blev til Faaborg Museum for Fynsk Malerkunst, byens andet statsanerkendte museum.